A Patchwork of Streptomyces Species Isolated from Potato Common Scab Lesions in North America
By L. Wanner. American Journal of Potato Research, 2009
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To determine distribution and prevalence of Streptomyces species associated with common scab in North America, more than 1,400 isolates were made from scabby potato tubers. Samples were obtained from locations across the continent, and from multiple sites in close geographic proximity. Most potentially pathogenic isolates belonged to four species previously associated with common scab, S. scabies, S. europaeiscabiei, S. stelliscabiei, and S. sp. IdahoX. Additionally, small numbers of potentially pathogenic isolates were identified as S. acidiscabies, S. turgidiscabies and six additional ribotypes. S. europaeiscabiei was most common in the west and S. scabies predominated in the middle and eastern Midwest. Beyond this geographic trend, species distribution was patchy. A single species often predominated in a field while neighboring fields had different species. Local and regional variation was seen when isolates were genotyped for repetitive sequence element patterns, reflecting the conserved or core genome, and genes characteristic of the Streptomyces pathogenicity island, reflecting flexible components of the Streptomyces genome. This is the largest survey to date of the distribution of common scab-causing species, and will be a resource for population biology studies and for tracing the evolutionary history and spread of common scab-associated Streptomyces.ResumenPara determinar la distribución y prevalencia de especies de Streptomyces asociadas con la sarna común en Norteamérica, se hicieron más de 1,400 aislamientos de tubérculos de papa con sarna. Las muestras fueron obtenidas de localidades de todo el continente y de múltiples lugares geográficamente próximos. Los aislamientos potencialmente más patogénicos fueron de cuatro especies previamente asociadas con sarna común, S. scabies, S. europaeiscabiei, S. stellicabiei y S. sp. IdahoX. Adicionalmente, un número pequeño de aislamientos potencialmente patogénicos fueron identificados como S. acidiscabies, S. turgidiscabies y seis ribotipos adicionales. S. europaeiscabiei fue el más común en el oeste y S. scabies predominó en el centro y este del Medio Oeste. Más allá de esta tendencia geográfica, la distribución de especies fue en parches. Una sola especie a menudo predominó en un campo mientras en los campos vecinos se encontraron diferentes especies. Se vieron variaciones locales y regionales cuando a los aislamientos se les determinó el genotipo para patrones de elementos con secuencias repetitivas que reflejan el genoma conservado o central, y genes característicos de la isla de patogenicidad de Streptomyces, reflejando componentes flexibles del genoma de Streptomyces. Este es la pesquisa más extensa a la fecha sobre la distribución de las especies que causan sarna común, y será un recurso para estudios de biología poblacional y para determinar la historia evolutiva y diseminación de Streptomyces asociado a la sarna común.
Subfields: Plant Science
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In Plant Science
Citations in the corpus
- In Search of Better Management of Potato Common Scab (2012, background): “Streptomyces europaeiscabiei was first described in France in 2000 and is frequently found in Europe, Korea, and North America (Bouchek-Mechiche et al. 2000a; Dees et al. 2012; FloresGonzález et al. 2008; Song et al. 2004; Wanner 2009).”